Героя Советского Союза Степана Кузьмича Нестерова похоронили в парке города Каунас (Литва), участок кладбища советских воинов (район Зелёная Гора, госпитальное кладбище за клиническим городком). Имя Героя Советского Союза увековечено на мемориальных плитах этого воинского захоронения.

В посёлке Ильинское, бывший Кассубен обозначено памятным знаком местом ранения Степана Кузьмича Нестерова.
http://www.alternativa-art.ru/page/2022-12-30/proekt-istoriya-lyudi-pamyat-predstavlyaet-turisticheskiy-marshr-7

7 сентября 1946 года на карте уже в Калининградской области город Шталлупенен переименован в город Нестеров и образован Нестеровский район.

Памятник Герою Советского Союза гвардии полковнику Нестерову С.К. 1968 год. Автор фото: Б.М. Штерн https://www.prussia39.ru/photo/show_photos.php?phid=51499
Памятник Степану Кузьмичу Нестерову работы скульпторов супругов Валентина Васильевича и Надежды Николаевны Моргуновых открыт в городе Нестерове 23 октября 1955 года. Гипсовый бюст был установлен на ступенчатом постаменте из красного гранита, украшенном вставками с воинской атрибутикой. На лицевой плоскости постамента укреплена плита с надписью: "Герой Советского Союза гвардии полковник Нестеров Степан Кузьмич 1906-1944".
Бюст Степана Кузьмича Нестерова установлен на постаменте, на котором 2 сентября 1900 года был открыт памятник Франко-прусской войне 1870-1871 годов в форме женской скульптуры, олицетворяющей Германию. Позже скульптура была переплавлена, а 24 июня 1922 года на ее место был водружён раскинувший крылья орел. После 1945 года скульптура орла утрачена.
В 2005 году старый памятник был заменён на новый из бронзы.
Приказом Службы государственной охраны объектов культурного наследия Калининградской области от 23 ноября 2016 года № 341 памятник Герою Советского Союза Нестерову Степану Кузьмичу включён в единый государственный реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации в качестве объекта культурного наследия местного (муниципального) значения.

Бюст Нестерова установлен в поселке Добринка Липецкой области.
Именем Нестерова названа средняя школа села Талицкий Чамлык Добринского района Липецкой области. На её здании установлена мемориальная доска. Также мемориальная доска установлена в честь Героя на одной из станций Калининградской железной дороги.
https://www.liveinternet.ru/users/kakula/post379706550/
21 мая 1957 года в Липецке образована улица Нестерова.
- Улица Нестерова — улица в Правобережном округе Липецка, протяженностью 300 м. Образована 21 мая 1957 года в посёлке чугунолитейного (ныне трубного) завода.

